Tanenbaum es más conocido por ser el creador de Minix un sistema Unix-like, réplica gratuita del sistema operativo UNIX con propósitos educativos, y por sus libros sobre ciencias de la computación.
Participó en Usenet en un encendido debate con el creador de Linux, sobre los méritos de la idea de Linus de utilizar un núcleo monolítico en vez de los diseños basados en un micronúcleo que Tanenbaum creía que serían la base de los sistemas operativos futuros.
Tanenbaum es el autor, junto a otros miembros de la Universidad Libre de Ámsterdam, del sistema operativo distribuido de investigación Amoeba, basado en una arquitectura de micronúcleo. Tanenbaum también es el creador de Globe, un software que provee una infraestructura para un sistema distribuido a nivel mundial.
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